Teilbereich 3: Genetik und Epigenetik des Alterns

Der Schwerpunkt von Teilbereich 3 liegt auf genetischen und epigenetischen Determinanten der Lebens- und Gesundheitsspanne sowie des Alterns bei Fischen, Nagetieren und Menschen. Diese Forschungsrichtung baut auf der Expertise des Instituts in der vergleichenden und funktionellen Genomik auf.

Die Forschung wird durch fünf Schwerpunktbereiche definiert:

  • vergleichende Genomik in kurz- und langlebigen Modellen des Alterns,
  • Genomik in N. furzeri,
  • Epigenetik des Alterns,
  • Nicht-kodierende RNAs im Alterungsprozess,
  • vergleichende Transkriptomik des Alterns.

Forschungsfokus Teilbereich 3.

Um die Ursachen des Alterns zu verstehen, werden vergleichende Genomanalysen in kurz- und langlebigen Modellsystemen durchgeführt. Die funktionelle Genomik soll dabei neue Signalwege identifizieren, die am Altern eines Organismus beteiligt sind und die funktionelle Relevanz genetischer und epigenetischer Veränderungen validieren, die während des Alterns auftreten. Außerdem werden genetische Risikofaktoren für die Entstehung altersbedingter Krankheiten identifiziert und funktional getestet. In der Zukunft werden im Teilbereich Veränderungen in den Wechselwirkungen zwischen Wirt und Mikrobiota während des Alterns untersucht und wie diese die klonale Mutation und epigenetische Veränderungen durch Stoffwechselprodukte und andere Signale beeinflussen.

Publikationen

(seit 2016)

2017

  • PosiGene: automated and easy-to-use pipeline for genome-wide detection of positively selected genes.
    Sahm A, Bens M, Platzer M, Szafranski K
    Nucleic Acids Res 2017, 45(11), e100
  • (Anti-)parallel evolution of lifespan.
    Sahm A, Cellerino A
    Aging (Albany NY) 2017, 9(10), 2018-9
  • How the Wilms tumor suppressor gene Wt1 affects interneurons in the central nervous system
    Schnerwitzki D
    Dissertation 2017, Jena, Germany
  • Cell autonomous expression of CXCL-10 in JAK2V617F-mutated MPN.
    Schnöder TM, Eberhardt J, Koehler M, Bierhoff HB, Weinert S, Pandey AD, Nimmagadda SC, Wolleschak D, Jöhrens K, Fischer T, Heidel FH
    J Cancer Res Clin Oncol 2017, 143(5), 807-20
  • Candidate Brocadiales dominates C, N and S cycling in anoxic groundwater of a pristine limestone-fracture aquifer.
    Starke R, Müller M, Gaspar M, Marz M, Küsel K, Totsche KU, von Bergen M, Jehmlich N
    J PROTEOMICS 2017, 152, 153-60
  • Rictor/mTORC2 deficiency enhances keratinocyte stress tolerance via mitohormesis.
    Tassone B, Saoncella S, Neri F, Ala U, Brusa D, Magnuson MA, Provero P, Oliviero S, Riganti C, Calautti E
    Cell Death Differ 2017, 24(4), 731-46 published during change of institution
  • Nucleosome Positioning Assay
    Zhao Z, Bierhoff H
    Bio-protocol 2017, 7(10), e2285

2016

  • The Evolution of COP9 Signalosome in Unicellular and Multicellular Organisms.
    Barth E, Hübler R, Baniahmad** A, Marz** M
    Genome Biol Evol 2016, 8(4), 1279-89 ** co-corresponding authors
  • Fluorescence-Activated Cell Sorting (FACS) Protocol for Podocyte Isolation in Adult Zebrafish.
    Bates TJD, Naumann U, Englert C
    In: The Wilms' Tumor (WT1) Gene, Methods and Protocols (edited by Nicholas Hastie), Methods in Molecular Biology 2016, 133-6, Springer New York, New Yo
  • Longitudinal RNA-Seq Analysis of Vertebrate Aging Identifies Mitochondrial Complex I as a Small-Molecule-Sensitive Modifier of Lifespan.
    Baumgart* M, Priebe* S, Groth* M, Hartmann* N, Menzel U, Pandolfini L, Koch P, Felder M, Ristow M, Englert C, Guthke R, Platzer M, Cellerino A
    Cell Syst 2016, 2(2), 122-32 * equal contribution