[Translate to deutsch:] Research focus of Subarea 3.

Teilbereich 3: Genetik und Epigenetik des Alterns

Der Schwerpunkt von Teilbereich 3 liegt auf genetischen und epigenetischen Determinanten der Lebens- und Gesundheitsspanne sowie des Alterns bei Fischen, Nagetieren und Menschen. Diese Forschungsrichtung baut auf der Expertise des Instituts in der vergleichenden und funktionellen Genomik auf.

Die Forschung wird durch fünf Schwerpunktbereiche definiert:

vergleichende Genomik in kurz- und langlebigen Modellen des Alterns,
Genomik in N. furzeri,
Epigenetik des Alterns,
Nicht-kodierende RNAs im Alterungsprozess,
vergleichende Transkriptomik des Alterns.

Forschungsfokus Teilbereich 3.

Um die Ursachen des Alterns zu verstehen, werden vergleichende Genomanalysen in kurz- und langlebigen Modellsystemen durchgeführt. Die funktionelle Genomik soll dabei neue Signalwege identifizieren, die am Altern eines Organismus beteiligt sind und die funktionelle Relevanz genetischer und epigenetischer Veränderungen validieren, die während des Alterns auftreten. Außerdem werden genetische Risikofaktoren für die Entstehung altersbedingter Krankheiten identifiziert und funktional getestet. In der Zukunft werden im Teilbereich Veränderungen in den Wechselwirkungen zwischen Wirt und Mikrobiota während des Alterns untersucht und wie diese die klonale Mutation und epigenetische Veränderungen durch Stoffwechselprodukte und andere Signale beeinflussen.

Publikationen

(seit 2016)

2017

A miRNA catalogue and ncRNA annotation of the short-living fish Nothobranchius furzeri.
Baumgart* M, Barth* E, Savino A, Groth M, Koch P, Petzold A, Arisi I, Platzer M, Marz* M, Cellerino* A
BMC Genomics 2017, 18(1), 693 * equal contribution
Construction of a map-based reference genome sequence for barley, Hordeum vulgare L.
Beier S, Himmelbach A, Colmsee C, Zhang XQ, Barrero RA, Zhang Q, Li L, Bayer M, Bolser D, Taudien S, Groth M, Felder M, Hastie A, Šimková H, Staňková H, Vrána J, Chan S, Muñoz-Amatriaín M, Ounit R, Wanamaker S, Schmutzer T, Aliyeva-Schnorr L, Grasso S, Tanskanen J, Sampath D, Heavens D, Cao S, Chapman B, Dai F, Han Y, Li H, Li X, Lin C, McCooke JK, Tan C, Wang S, Yin S, Zhou G, Poland JA, Bellgard MI, Houben A, Doležel J, Ayling S, Lonardi S, Langridge P, Muehlbauer GJ, Kersey P, Clark MD, Caccamo M, Schulman AH, Platzer M, Close TJ, Hansson M, Zhang G, Braumann I, Li C, Waugh R, Scholz U, Stein N, Mascher M
Sci Data 2017, 4, 170044
Development and application of RNA-seq bioinformatic tools to explore non-model organisms in ageing research
Bens M
Dissertation 2017, Jena, Germany
Citron Kinase Deficiency Leads to Chromosomal Instability and TP53-Sensitive Microcephaly.
Bianchi FT, Tocco C, Pallavicini G, Liu Y, Vernì F, Merigliano C, Bonaccorsi S, El-Assawy N, Priano L, Gai M, Berto GE, Chiotto AMA, Sgrò F, Caramello A, Tasca L, Ala U, Neri F, Oliviero S, Mauro A, Geley S, Gatti M, Di Cunto F
Cell Rep 2017, 18(7), 1674-86 published during change of institution
Repeated intra-specific divergence in lifespan and ageing of African annual fishes along an aridity gradient.
Blažek R, Polačik M, Kačer P, Cellerino A, Řežucha R, Methling C, Tomášek O, Syslová K, Tozzini ET, Albrecht T, Vrtílek M, Reichard M
Evolution Int J Org Evolution 2017, 71(2), 386-402
DNMT and HDAC inhibitors induce cryptic transcription start sites encoded in long terminal repeats.
Brocks D, Schmidt CR, Daskalakis M, Jang HS, Shah NM, Li D, Li J, Zhang B, Hou Y, Laudato S, Lipka DB, Schott J, Bierhoff H, Assenov Y, Helf M, Ressnerova A, Islam MS, Lindroth AM, Haas S, Essers M, Imbusch CD, Brors B, Oehme I, Witt O, Lübbert M, Mallm JP, Rippe K, Will R, Weichenhan D, Stoecklin G, Gerhäuser C, Oakes CC, Wang T, Plass C
Nat Genet 2017, 49(7), 1052-60 published during change of institution
Renal regenerative potential of different extra-cellular vesicle populations derived from bone marrow mesenchymal stromal cells.
Bruno S, Tapparo M, Collino F, Chiabotto G, Deregibus MC, Soares Lindoso R, Neri F, Kholia S, Giunti S, Wen S, Quesenberry P, Camussi G
TISSUE ENG PART A 2017, 23(21-22), 1262-73
What have we learned on aging from omics studies?
Cellerino A, Ori A
Semin Cell Dev Biol 2017, 70, 177-89
Endogenous locus-driven H-Ras G12V expression induces senescence-like phenotype in primary fibroblasts of the Costello syndrome mouse model
Chennappan S, Schulze T, Cirstea IC
Molecular Life 2017, 1(1), 3-14
Genetic mutations linked to Parkinson's disease differentially control nucleolar activity in pre-symptomatic mouse models.
Evsyukov V, Domanskyi A, Bierhoff H, Gispert S, Mustafa R, Schlaudraff F, Liss B, Parlato R
Dis Model Mech 2017, 10(5), 633-43