[Translate to deutsch:] Research focus of Subarea 3.

Teilbereich 3: Genetik und Epigenetik des Alterns

Der Schwerpunkt von Teilbereich 3 liegt auf genetischen und epigenetischen Determinanten der Lebens- und Gesundheitsspanne sowie des Alterns bei Fischen, Nagetieren und Menschen. Diese Forschungsrichtung baut auf der Expertise des Instituts in der vergleichenden und funktionellen Genomik auf.

Die Forschung wird durch fünf Schwerpunktbereiche definiert:

vergleichende Genomik in kurz- und langlebigen Modellen des Alterns,
Genomik in N. furzeri,
Epigenetik des Alterns,
Nicht-kodierende RNAs im Alterungsprozess,
vergleichende Transkriptomik des Alterns.

Forschungsfokus Teilbereich 3.

Um die Ursachen des Alterns zu verstehen, werden vergleichende Genomanalysen in kurz- und langlebigen Modellsystemen durchgeführt. Die funktionelle Genomik soll dabei neue Signalwege identifizieren, die am Altern eines Organismus beteiligt sind und die funktionelle Relevanz genetischer und epigenetischer Veränderungen validieren, die während des Alterns auftreten. Außerdem werden genetische Risikofaktoren für die Entstehung altersbedingter Krankheiten identifiziert und funktional getestet. In der Zukunft werden im Teilbereich Veränderungen in den Wechselwirkungen zwischen Wirt und Mikrobiota während des Alterns untersucht und wie diese die klonale Mutation und epigenetische Veränderungen durch Stoffwechselprodukte und andere Signale beeinflussen.

Publikationen

(seit 2016)

2016

The long intergenic non-coding RNA CCR492 functions as a let-7 competitive endogenous RNA to regulate c-Myc expression.
Maldotti M, Incarnato D, Neri F, Krepelova A, Rapelli S, Anselmi F, Parlato C, Basile G, Dettori D, Calogero R, Oliviero S
BBA-GENE REGUL MECH 2016, 1859(10), 1322-32 published during change of institution
Conserved Senescence Associated Genes and Pathways in Primary Human Fibroblasts Detected by RNA-Seq.
Marthandan S, Baumgart M, Priebe S, Groth M, Schaer J, Kaether C, Guthke R, Cellerino A, Platzer M, Diekmann S, Hemmerich P
PLoS One 2016, 11(5), e0154531
Conserved genes and pathways in primary human fibroblast strains undergoing replicative and radiation induced senescence.
Marthandan S, Menzel U, Priebe S, Groth M, Guthke R, Platzer M, Hemmerich P, Kaether C, Diekmann S
Biol Res 2016, 49(1), 34
Olfactory phenotypic expression unveils human aging.
Mazzatenta A, Cellerino A, Origlia N, Barloscio D, Sartucci F, Di Giulio C, Domenici L
Oncotarget 2016, 7(15), 19193-200
Methylation-assisted bisulfite sequencing to simultaneously map 5fC and 5caC on a genome-wide scale for DNA demethylation analysis.
Neri F, Incarnato D, Krepelova A, Parlato C, Oliviero S
Nat Protoc 2016, 11(7), 1191-205 published during change of institution
Comparative genomics to explore phylogenetic relationship, cryptic sexual potential and host specificity of Rhynchosporium species on grasses.
Penselin D, Münsterkötter M, Kirsten S, Felder M, Taudien S, Platzer M, Ashelford K, Paskiewicz KH, Harrison RJ, Hughes DJ, Wolf T, Shelest E, Graap J, Hoffmann J, Wenzel C, Wöltje N, King KM, Fitt BDL, Güldener U, Avrova A, Knogge W
BMC Genomics 2016, 17(1), 953
Function and Regulation of the Wilms' Tumor Suppressor 1 (WT1) Gene in Fish.
Perner B, Bates TJD, Naumann U, Englert C
In: The Wilms' Tumor (WT1) Gene, Methods and Protocols (edited by Nicholas Hastie), Methods in Molecular Biology 2016, 1467, 119-28, Springer New York, New Y
Immunofluorescence Staining of Wt1 on Sections of Zebrafish Embryos and Larvae.
Perner B, Englert C
In: The Wilms' Tumor (WT1) Gene, Methods and Protocols (edited by Nicholas Hastie), Methods in Molecular Biology 2016, 1467, 129-32, Springer New York, New Y
Analysis of Zebrafish Kidney Development with Time-lapse Imaging Using a Dissecting Microscope Equipped for Optical Sectioning.
Perner B, Schnerwitzki D, Graf M, Englert C
J Vis Exp 2016, e53921
Nothobranchius furzeri: A Model for Aging Research and More.
Platzer M, Englert C
Trends Genet 2016, 32(9), 543-52