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[Translate to deutsch:] Research focus of Subarea 3.

Teilbereich 3: Genetik und Epigenetik des Alterns

Der Schwerpunkt von Teilbereich 3 liegt auf genetischen und epigenetischen Determinanten der Lebens- und Gesundheitsspanne sowie des Alterns bei Fischen, Nagetieren und Menschen. Diese Forschungsrichtung baut auf der Expertise des Instituts in der vergleichenden und funktionellen Genomik auf.

Die Forschung wird durch fünf Schwerpunktbereiche definiert:

  • vergleichende Genomik in kurz- und langlebigen Modellen des Alterns,
  • Genomik in N. furzeri,
  • Epigenetik des Alterns,
  • Nicht-kodierende RNAs im Alterungsprozess,
  • vergleichende Transkriptomik des Alterns.

Forschungsfokus Teilbereich 3.

Um die Ursachen des Alterns zu verstehen, werden vergleichende Genomanalysen in kurz- und langlebigen Modellsystemen durchgeführt. Die funktionelle Genomik soll dabei neue Signalwege identifizieren, die am Altern eines Organismus beteiligt sind und die funktionelle Relevanz genetischer und epigenetischer Veränderungen validieren, die während des Alterns auftreten. Außerdem werden genetische Risikofaktoren für die Entstehung altersbedingter Krankheiten identifiziert und funktional getestet. In der Zukunft werden im Teilbereich Veränderungen in den Wechselwirkungen zwischen Wirt und Mikrobiota während des Alterns untersucht und wie diese die klonale Mutation und epigenetische Veränderungen durch Stoffwechselprodukte und andere Signale beeinflussen.

Publikationen

(seit 2016)

2025

  • Unlocking the Full Potential of Nanopore Sequencing: Tips, Tricks, and Advanced Data Analysis Techniques
    Meyer* D, Goettsch* W, Spannenberg* J, Stieber B, Krautwurst S, Hölzer M, Brandt C, Linde J, Höner zu Siederdissen C, Srivastava A, Zarkovic M, Wollny** D, Marz** M
    bioRxiv 2025, https://doi.org/10.1101/2023.12. * equal contribution, ** co-senior authors
  • diffONT: predicting methylation-specific PCR biomarkers based on nanopore sequencing data for clinical application
    Meyer** D, Barth E, Wiehle L, Marz** M
    bioRxiv 2025, https://doi.org/10.1101/2025.02. ** co-corresponding authors
  • Polyamines sustain epithelial regeneration in aged intestines by modulating protein homeostasis.
    Minetti* A, Omrani* O, Brenner C, Cansiz F, Imada S, Rösler J, Khawaled S, Allies G, Meckelmann SW, Gebert N, Heinze I, Rahnis N, Lu J, Spengler K, Rasa M, Cirri E, Heller R, Yilmaz Ö, Tasdogan A, Neri** F, Ori** A
    Nat Cell Biol 2025 (epub ahead of print) * equal contribution, ** co-senior authors
  • Multiple Wnt signaling pathways direct epithelial tubule interconnection in the regenerating zebrafish kidney
    N.Kamei C, G.B.Sampson W, Albertz C, Aries O, Wolf A, M.Upadhyay R, M.Hughes S, Schenk H, Bonnet F, W.Draper B, W.McCracken K, K.Marciano D, Oxburgh L, A.Drummond I
    bioRxiv 2025, https://doi.org/10.1101/2025.03.
  • Biogeochemical function of slicks in coastal surface waters of the Baltic Sea
    Peter C, Giebel HA, Clark Chai B, S.G.Serafim T, Lehners C, Wurl O, Osterholz H, Rahlff J
    bioRxiv 2025, https://doi.org/10.1101/2025.06.
  • N-acetyl-l-cysteine ethyl ester (NACET) induces the transcription factor NRF2 and prevents retinal aging and diabetic retinopathy.
    Realini G, Amato R, Rasa M, Ceccatelli R, Cannavale A, Bottoni L, Marchini F, Minetti A, Giustarini D, Canovai A, Melecchi A, Elia I, Krepelova A, Annunziata F, Cammalleri M, Rossi R, Tosi GM, Orlandini M, Chiariello M, Neri F, Dal Monte M, Galvagni F
    Redox Biol 2025 (epub ahead of print)
  • The master male sex determinant Gdf6Y of the turquoise killifish arose through allelic neofunctionalization.
    Richter* A, Mörl H, Thielemann M, Kleemann M, Geißen R, Schwarz R, Albertz C, Koch P, Petzold A, Kroll T, Groth M, Hartmann N, Herpin A, Englert* C
    Nat Commun 2025, 16(1), 540 * corresponding author
  • Tau mediates the reshaping of the transcriptional landscape toward intermediate Alzheimer's disease stages.
    Siano G, Varisco M, Terrigno M, Wang C, Scarlatti A, Iannone V, Groth M, Galas MC, Hoozemans JJM, Cellerino A, Cattaneo A, Di Primio C
    Front Cell Dev Biol 2025, 12, 1459573
  • The RMaP challenge of predicting RNA modifications by nanopore sequencing.
    Spangenberg J, Mündnich S, Busch A, Pastore S, Wierczeiko A, Goettsch W, Dietrich V, Pryszcz LP, Cruciani S, Novoa EM, Joshi K, Perera R, Di Giorgio S, Arrubarrena P, Tellioglu I, Poon CL, Wan YK, Göke J, Hildebrandt A, Dieterich** C, Helm** M, Marz** M, Gerber** S, Alagna** N
    Commun Chem 2025, 8(1), 115 ** co-corresponding authors
  • First full-genome alignment representative for the genus Pestivirus
    Triebel S, Eulenfeld T, Ontiveros-Palacios N, Sweeney B, Tautz N, Marz M
    bioRxiv 2025, https://doi.org/10.1101/2025.05.