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[Translate to deutsch:] Research focus of Subarea 3.

Teilbereich 3: Genetik und Epigenetik des Alterns

Der Schwerpunkt von Teilbereich 3 liegt auf genetischen und epigenetischen Determinanten der Lebens- und Gesundheitsspanne sowie des Alterns bei Fischen, Nagetieren und Menschen. Diese Forschungsrichtung baut auf der Expertise des Instituts in der vergleichenden und funktionellen Genomik auf.

Die Forschung wird durch fünf Schwerpunktbereiche definiert:

  • vergleichende Genomik in kurz- und langlebigen Modellen des Alterns,
  • Genomik in N. furzeri,
  • Epigenetik des Alterns,
  • Nicht-kodierende RNAs im Alterungsprozess,
  • vergleichende Transkriptomik des Alterns.

Forschungsfokus Teilbereich 3.

Um die Ursachen des Alterns zu verstehen, werden vergleichende Genomanalysen in kurz- und langlebigen Modellsystemen durchgeführt. Die funktionelle Genomik soll dabei neue Signalwege identifizieren, die am Altern eines Organismus beteiligt sind und die funktionelle Relevanz genetischer und epigenetischer Veränderungen validieren, die während des Alterns auftreten. Außerdem werden genetische Risikofaktoren für die Entstehung altersbedingter Krankheiten identifiziert und funktional getestet. In der Zukunft werden im Teilbereich Veränderungen in den Wechselwirkungen zwischen Wirt und Mikrobiota während des Alterns untersucht und wie diese die klonale Mutation und epigenetische Veränderungen durch Stoffwechselprodukte und andere Signale beeinflussen.

Publikationen

(seit 2016)

2016

  • Prediction of conserved long-range RNA-RNA interactions in full viral genomes.
    Fricke M, Marz M
    Bioinformatics 2016, 32(19), 2928-35
  • High Copy Numbers of Beta-Defensin Cluster on 8p23.1 Confer Genetic Susceptibility and Modulate the Physical Course of Hidradenitis Suppurativa/Acne Inversa.
    Giamarellos-Bourboulis* EJ, Platzer* M, Karagiannidis* I, Kanni T, Nikolakis G, Ulrich J, Bellutti M, Gollnick H, Bauer M, Zouboulis CC, Huse K
    J Invest Dermatol 2016, 136(8), 1592-8 * equal contribution
  • Genomic engineering of Wilms tumour genes in Danio rerio
    Große A
    Dissertation 2016, Jena, Germany
  • Age-Dependent Changes of Monocarboxylate Transporter 8 Availability in the Postnatal Murine Retina.
    Henning Y, Szafranski K
    Front Cell Neurosci 2016, 10, 205
  • Differential transcriptional responses to Ebola and Marburg virus infection in bat and human cells.
    Hölzer M, Krähling V, Amman F, Barth E, Bernhart SH, Carmelo VAO, Collatz M, Doose G, Eggenhofer F, Ewald J, Fallmann J, Feldhahn LM, Fricke M, Gebauer J, Gruber AJ, Hufsky F, Indrischek H, Kanton S, Linde J, Mostajo N, Ochsenreiter R, Riege K, Rivarola-Duarte L, Sahyoun AH, Saunders SJ, Seemann SE, Tanzer A, Vogel B, Wehner S, Wolfinger MT, Backofen R, Gorodkin J, Grosse I, Hofacker I, Hoffmann S, Kaleta C, Stadler PF, Becker S, Marz M
    Sci Rep 2016, 6, 34589
  • Whole-Genome Sequence of Chlamydia gallinacea Type Strain 08-1274/3.
    Hölzer M, Laroucau K, Creasy HH, Ott S, Vorimore F, Bavoil PM, Marz M, Sachse K
    Genome Announc 2016, 4(4), pii: e00708-16
  • RNA structure framework: automated transcriptome-wide reconstruction of RNA secondary structures from high-throughput structure probing data.
    Incarnato D, Neri F, Anselmi F, Oliviero S
    Bioinformatics 2016, 32(3), 459-61 published during change of institution
  • A homolog of Blade-On-Petiole 1 and 2 (BOP1/2) controls internode length and homeotic changes of the barley inflorescence.
    Jost M, Taketa S, Mascher M, Himmelbach A, Yuo T, Shahinnia F, Rutten T, Druka A, Schmutzer T, Steuernagel B, Beier S, Taudien S, Scholz U, Morgante M, Waugh R, Stein N
    Plant Physiol 2016, 171(2), 1113-27
  • Molecular specification of germ layers in vertebrate embryos.
    Kiecker C, Bates T, Bell E
    Cell Mol Life Sci 2016, 73(5), 923-47
  • Assembly and repeat annotation of the nothobranchius furzeri genome
    Koch P
    Dissertation 2016, Jena, Germany