Forschungsgruppe Hoffmann

Zusätzliche Projekte

Verbundprojekt „de.NBI – Partner: de.STAIR“

Bioinformatics Services for Structured Analysis and Integration of RNA-Seq experiments (de.STAIR)

BMBF-Projekt 031L016A

Website: http://destair.bioinf.uni-leipzig.de

Der Forschungsschwerpunkt von de.STAIR liegt auf RNA-Sequenzierungs-Analysen mit dem Ziel, Best-Practices und nutzerfreundliche Workflows für die Verarbeitung und Integration von Genexpressionsdaten zu entwickeln sowie Hilfestellung bei der Vorbereitung von Sequenzierexperimenten, der anschließenden Datenanalyse und Interpretation zu geben. Die große Heterogenität in RNA-Seq-Studiendesigns und untersuchten Organismen hat großen Einfluss auf die nachfolgende bioinformatische Analyse. Als Teil des RNA-Bioinformatik-Zentrums (RBC), das die Forschung mit RNA-Bezug innerhalb de.NBI unterstützt, vereint de.STAIR die Expertise von drei beteiligten Arbeitsgruppen, um eine flexible RNA-Seq-Analysis-Workbench für verschiedene RNA-Seq-Protokolle zu entwickeln und zu pflegen, die lokal oder in einer Cloudumgebung (wie z.B. der Open-Source-Plattform Galaxy) genutzt werden kann. Darüber hinaus bietet de.STAIR Workshops, Weiterbildungen und Screencasts für Experten und Anfänger an, um den Zugang zu RNA-Seq-Analysen zu erleichtern.

Abbildung 6: Schema der de.STAIR-Workbench. Die Abbildung zeigt, wie die Anwendung unseres modularisierten Workflows dem Nutzer dabei hilft, sein Ziel zu erreichen, indem eigene Analysen angepasst und optimiert werden können. Vorausgewählte Module, Parameter und ein Empfehlungssystem sorgen für eine interaktive Anwendung, wobei der Nutzer die Wahl hat, mit welchem Tool er arbeiten möchte. Ein solches System ermöglicht es Forschern, ihre eigenen Analysen durchzuführen und gleichzeitig die Vorteile eines modularisierten Workflows zu nutzen, ohne selber Analysesoftware entwickeln zu müssen.
Abbildung 6

Abbildung des indirekten p53-Genregulierungsnetzwerks

Der Forschungsschwerpunkt des Projektes liegt darauf, Genregulationsnetzwerke zu analysieren, die Zellzyklus und Funktionen des Tumorrepressors p53 beeinflussen. Der Transkriptionsfaktor p53 dient als zentraler Repressor der Tumorentwicklung. Er kontrolliert Zellproliferation und Apoptose durch die Steuerung einer Vielzahl an Zielgenen. Allerdings ist unklar, wie p53 viele dieser Zielgene direkt reguliert, welche Faktoren neben p53 selbst für eine Hoch- oder Herunterregulierung notwendig sind und wie deren Regulierung normale und Tumorzellen beeinflusst. Unser unvollständiges Bild der molekularen Grundlage p53-abhängiger Genregulation ist bisher eine kritische Lücke in unserem Verständnis der Tumorsuppression.

Abbildung 7: Mechanismen direkter Zielgenaktivierung durch p53 und einer indirekten Unterdrückung durch den p53-p21-DREAM/RB Komplex gestützt durch genomweite Datenanalyse.
Abbildung 7

Kontakt

Prof. Dr. Dr. Steve Hoffmann

Steve Hoffmann
Gruppenleiter
+49 3641 656810
steve.hoffmann@leibniz-fli.de

 

Patricia Möckel
Sekretariat
+49 3641 65-6240
patricia.moeckel@leibniz-fli.de


Team (incomplete due to Data protection / unvollständig aufgrund DSGVO)

Name Telefon E-Mail Tätigkeit
Steve Hoffmann +49 3641 656810 steve.hoffmann@leibniz-fli.de Gruppenleiter
Martin Fischer +49 3641 656876 martin.fischer@leibniz-fli.de Postdoc
Arne Sahm +49 3641 656872 arne.sahm@leibniz-fli.de Postdoc
Robert Schwarz --- robert.schwarz@leibniz-fli.de Doktorand
Konstantin Riege +49 3641 656875 konstantin.riege@leibniz-fli.de Wissenschaftler
Jeanne Wilbrandt +49 3641 656873 jeanne.wilbrandt@leibniz-fli.de Wissenschaftler
Lion Müller +49 3641 656053/6875 lion.mueller@leibniz-fli.de Masterstudent