[Translate to deutsch:] Research focus of Subarea 3.

Teilbereich 3: Genetik und Epigenetik des Alterns

Der Schwerpunkt von Teilbereich 3 liegt auf genetischen und epigenetischen Determinanten der Lebens- und Gesundheitsspanne sowie des Alterns bei Fischen, Nagetieren und Menschen. Diese Forschungsrichtung baut auf der Expertise des Instituts in der vergleichenden und funktionellen Genomik auf.

Die Forschung wird durch fünf Schwerpunktbereiche definiert:

vergleichende Genomik in kurz- und langlebigen Modellen des Alterns,
Genomik in N. furzeri,
Epigenetik des Alterns,
Nicht-kodierende RNAs im Alterungsprozess,
vergleichende Transkriptomik des Alterns.

Forschungsfokus Teilbereich 3.

Um die Ursachen des Alterns zu verstehen, werden vergleichende Genomanalysen in kurz- und langlebigen Modellsystemen durchgeführt. Die funktionelle Genomik soll dabei neue Signalwege identifizieren, die am Altern eines Organismus beteiligt sind und die funktionelle Relevanz genetischer und epigenetischer Veränderungen validieren, die während des Alterns auftreten. Außerdem werden genetische Risikofaktoren für die Entstehung altersbedingter Krankheiten identifiziert und funktional getestet. In der Zukunft werden im Teilbereich Veränderungen in den Wechselwirkungen zwischen Wirt und Mikrobiota während des Alterns untersucht und wie diese die klonale Mutation und epigenetische Veränderungen durch Stoffwechselprodukte und andere Signale beeinflussen.

Publikationen

(seit 2016)

2018

Species comparison of liver proteomes reveals links to naked mole-rat longevity and human aging.
Heinze* I, Bens* M, Calzia* E, Holtze S, Dakhovnik O, Sahm A, Kirkpatrick JM, Szafranski K, Romanov N, Sama SN, Holzer K, Singer S, Ermolaeva M, Platzer** M, Hildebrandt** T, Ori** A
BMC Biol 2018, 16(1), 82 * equal contribution, ** co-senior authors
Multiple roots of fruiting body formation in Amoebozoa.
Hillmann F, Forbes G, Novohradská S, Ferling I, Riege K, Groth M, Westermann M, Marz M, Spaller T, Winckler T, Schaap P, Glöckner G
Genome Biol Evol 2018, 10(2), 591-606
The microenvironment of naked mole-rat burrows in East Africa
Holtze S, Braude S, Lemma A, Koch R, Morhart M, Szafranski K, Platzer M, Alemayehu F, Goeritz F, Hildebrandt TB
Afr J Ecol 2018, 56(2), 279-89
3D Network exploration and visualisation for lifespan data.
Hühne* R, Kessler* V, Fürstberger* A, Kühlwein S, Platzer M, Sühnel J, Lausser L, Kestler HA
BMC Bioinformatics 2018, 19(1), 390 * equal contribution
Bioinformatics Meets Virology: The European Virus Bioinformatics Center's Second Annual Meeting.
Ibrahim B, Arkhipova K, Andeweg AC, Posada-Céspedes S, Enault F, Gruber A, Koonin EV, Kupczok A, Lemey P, McHardy AC, McMahon DP, Pickett BE, Robertson DL, Scheuermann RH, Zhernakova A, Zwart MP, Schönhuth A, Dutilh BE, Marz M
Viruses 2018, 10(5, 256; https://doi.org/10.33
Epigenetic Erosion in Adult Stem Cells: Drivers and Passengers of Aging.
Kosan C, Heidel FH, Godmann M, Bierhoff H
Cells 2018, 7(12)
Identification of potential microRNAs associated with Herpesvirus family based on bioinformatic analysis.
Lamkiewicz K, Barth E, Marz** M, Ibrahim** B
bioRxiv 2018, https://doi.org/10.1101/417782 ** co-corresponding authors
Wilms Tumor 1b defines a wound-specific sheath cell subpopulation associated with notochord repair.
Lopez-Baez JC, Simpson DJ, LLeras Forero L, Zeng Z, Brunsdon H, Salzano A, Brombin A, Wyatt C, Rybski W, Huitema LFA, Dale RM, Kawakami K, Englert C, Chandra T, Schulte-Merker S, Hastie ND, Patton EE
Elife 2018, 7, e30657
Structural and functional conservation of cis-acting RNA elements in coronavirus 5'-terminal genome regions.
Madhugiri R, Karl N, Petersen D, Lamkiewicz K, Fricke M, Wend U, Scheuer R, Marz M, Ziebuhr J
Virology 2018, 517, 44-55
The age-regulated zinc finger factor ZNF367 is a new modulator of neuroblast proliferation during embryonic neurogenesis.
Naef V, Monticelli S, Corsinovi D, Mazzetto MT, Cellerino A, Ori M
Sci Rep 2018, 8(1), 11836