Webressourcen & Software

Es entspricht guter wissenschaftlicher Praxis und wird durch unsere Open-Access-Strategie unterstützt, Forschungsprozesse, Werkzeuge, Forschungsergebnisse und Datenbanken der Wissenschaftsgemeinschaft und der Öffentlichkeit zugänglich zu machen. Hier stellen wir Ihnen frei zugängliche Webressourcen und Software-Tools zur Verfügung, die von FLI-Forschungsgruppen entwickelt wurden. 

Bei Fragen wenden Sie sich bitte an unser Webservice-Team.

Genomanalyse

• GenColors
  Web-basierte Software/Datenbank, die eine verbesserte Beschreibung und einen schnelleren Zugang zu mikrobiotischen Genomen gewährleisten sollte unter Berücksichtigung von Informationen artverwandter Genome und unter extensiver Nutzung genomischer Vergleichsanalysen. Der Link führt zu zahlreichen Genom-Servern, die diese Eigenschaften haben, jedoch nur Genome beinhalten, deren Beschreibung abgeschlossen ist.
• Dinucleotide Properties Database – DiProDB
  Datenbank, mit der thermodynamische, strukturelle und andere dinukleotide Eigenschaften gesammelt und analysiert werden können.
• Nothobranchius furzeri Information Network Genome Browser - NFINgb
  Genom-Browser für die Zusammenstellung und Beschreibung des Genoms des kurzlebigen Fisches  Nothobranchius furzeri.
• Nothobranchius furzeri Information Network Transcriptome Browser - NFINtb
  Datenbank neu zusammengestellter und beschriebener cDNA-Contigs des kurzlebigen Fisches Nothobranchius furzeri.
• TAndem Splice Site DataBase - TassDB
  Datenbank, die umfangreiche Informationen zum alternativen Spleißen an Tandem-Donoren und -Akzeptoren bereitstellt, sowohl in bestätigten als auch in unbestätigten Fällen.

Strukturbiologie

• Jena3D Viewer
  Jmol-basiertes Darstellungs-Tool für molekulare 3D-Strukturen. Es ist integraler Bestandteil der JenaLib, kann aber auch als unabhängige Version für neu entdeckte Strukturen verwendet werden.

FRAMA

FRAMA: from RNA-seq data to annotated mRNA assemblies. Bens M, Sahm A, Groth M, Jahn N, Morhart M, Holtze S, Hildebrandt TB, Platzer M, Szafranski K.
BMC Genomics. 2016 Jan 14;17:54. doi: 10.1186/s12864-015-2349-8. (PubMed)

FRAMA ist kostenlos für den akademischen und gemeinnützigen Gebrauch. Für die kommerzielle Nutzung wenden Sie sich bitte per E-Mail an den Forschungskoordinator. (E-Mail)

KILAPE

KILAPE ist schnell, hoch skalierbar und kann für große und komplexe Genome auf gebräuchlicher Hardware implementiert werden.

KILAPE ist kostenlos für den akademischen und gemeinnützigen Gebrauch. Für die kommerzielle Nutzung wenden Sie sich bitte per E-Mail an den Forschungskoordinator. (E-Mail)

PosiGene

Download und ergänzende Daten: Link

RepARK

RepARK--de novo creation of repeat libraries from whole-genome NGS reads. Koch P, Platzer M, Downie BR. Nucleic Acids Res. 2014 May;42(9):e80. doi: 10.1093/nar/gku210. Epub 2014 Mar 14. (PubMed)

RepARK ist kostenlos für den akademischen und gemeinnützigen Gebrauch. Für die kommerzielle Nutzung wenden Sie sich bitte per E-Mail an den Forschungskoordinator. (E-Mail)